Désormais adolescent, Alex a de moins en moins envie de partir en mission ninja et préfère passer du temps avec ses amis. Se sentant mis de côté, le Ninja à carreaux part en quête de nouvelles missions par ses propres moyens. Les ennuis commencent quand Alex se retrouve malgré lui en conflit avec Marco, le bad boy du collège et nouveau petit ami de Jessica. Le Ninja pousse alors Alex à se défendre, l'entraînant dans une confrontation avec la bande de gangsters de Marco.